מצרים חוששת מההשלכות של המלחמה ברצועת עזה על מצבה הפנימי ויציבות שלטונו של הנשיא א-סיסי. החשש העיקרי הוא שתנועת "האחים המוסלמים", המהווה תנועת האופוזיציה הגדולה ביותר במצרים וגם תנועת האם של חמאס, תנסה לערער את יציבות השלטון. בדיוק מהסיבה הזו, הנשיא א-סיסי הכריז על התנועה כארגון טרור כבר לאחר עלייתו לשלטון בשנת 2014.
ב-25 בינואר 2024, שר הפנים המצרי, מחמוד תוופיק, הזהיר מכך שהתנועה תנסה להחיות את פעילות התעמולה שלה כדי להפיץ שמועות ופייק ניוז שיצור תסכול ויסית למעשי אלימות. במהלך אירוע לציון יום המשטרה ה-72 שנערך באותו יום, אמר שר הפנים כי תנועת "האחים המוסלמים" מנסה לזעזע את יציבות השלטון המצרי והשלום החברתי. זאת ועוד, הוא גילה כי שירותי הביטחון המצרים סיכלו בשנה החולפת 129 ניסיונות להקים תאי טרור במדינה ונקטו בצעדים חריפים כלפי גופים מסחריים שניסו לתמוך כספית בתשתית של הארגון.
תנועת "האחים המוסלמים" במצרים איבדה כוח רב בזכות הפעילות המאומצת של גורמי הביטחון המצרים. גורם נוסף להיחלשותה היה המחלוקות הפנימיות הקשות שהביאו לקרע בתוך התנועה במצרים ומחוצה לה בקרב ההנהגה בחו"ל. כיום, ניתן לומר כי הארגון כבר אינו חזק כפי שהיה בין השנים 2011-2013. למרות זאת, דיווחים אחרונים של גורמי ביטחון מצרים מעלים דאגה כי תשתית "האחים המוסלמים", אשר פורקה בעבר על ידי השב"כ המצרי (מוח'באראת), מנסה לשקם את עצמה בחו"ל – בדגש על מדינות כמו טורקיה וסוריה. כך למשל, בסוריה היא שוהה באזורים המאופיינים בפעילות טרור ומאמנת את אנשיה בפעולות חבלה ושימוש בנשק.
גורמי הביטחון עוקבים בקפדנות אחרי הניסיונות של הנהגתה בחו"ל לחדש את הקשר עם פעילי התנועה במצרים כדי לדחוף אותם למעשי טרור נגד המשטר המצרי. שר הפנים המצרי אף הזהיר מפני ניסיונות של ארגוני הטרור לנצל את המצב הביטחוני במזרח התיכון, כשהוא רומז למלחמה המתנהלת ברצועת עזה, על מנת להקים תאי טרור חדשים ולהתחזק באמצעות הרשתות החברתיות. בתוך כך, טען השר כי נעשה ניסיון לדחוף את הדור הצעיר במצרים לביצוע פעולות אלימות נגד מוסדות המדינה.
בעוד מצרים מתקשה בחיסול מוחלט של "האחים המוסלמים", חוליות רדומות של התנועה רק ממתינות לרגע המתאים לבצע פעולות טרור. במקביל לכך, הנהגת התנועה, שנמצאת בחו"ל, משחקת משחק כפול ומנסה להתפייס עם המשטר המצרי אשר דוחה את כל הניסיונות הללו.
חשוב לציין כי בבתי הכלא במצרים יש מספר גדול של מנהיגים של התנועה שהורשעו בפעילות אלימה והסתה לרצח, ביניהם גם מנהיגים מבוקשים שהצליחו להימלט לחו"ל, בעיקר לשטח טורקיה וקטאר. אחד התרחישים ממנו חושש המודיעין המצרי הוא בריחה של פעילי חמאס מרצועת עזה לשטח מצרים בעקבות המלחמה, פעילים אשר עלולים לחבור לפעילי תנועת "האחים המוסלמים" ולפעילי שלוחת דאע"ש בצפון סיני. במצב הנוכחי, נראה כי החשש העיקרי נובע מהאפשרות כי כוחות אלה יחלו בביצוע פעולות טרור משותפות נגד המשטר כפי שעשו עד לשנת 2017.
