בעוד שברחוב הפלסטיני יש שמחה רבה על הטבח שבוצע בבית הכנסת בשכונת הר נוף בירושלים, בהנהגת הרשות הפלסטינית יש המביעים חששות מכך שהכיוון שתופס גל הטרור העממי הפלסטיני יזיק בסופו של דבר לבעיה הפלסטינית.
בכירים ברשות הפלסטינית גורסים כי האינטרס של הפלסטינים הוא שהסכסוך עם ישראל יישאר סכסוך לאומי ולא סכסוך דתי. לכן הם דוחים את הטענה כי מדובר ב "מלחמת דת", ומסבירים כי הכנסת הר הבית למשוואת הסכסוך נותנת לסכסוך "אצטלה דתית" אך למעשה אין שינוי במצב ומדובר בסכסוך לאומי.
בכירים אלה, מודעים היטב לחששות בעולם המערבי מפני האסלאם הקיצוני שבא לידי ביטוי במעשי הטבח של ארגון דאע"ש השואף להקים ח'ליפות איסלאמית בכל העולם, ואינם רוצים שהפלסטינים יכללו בקטגוריה הזו.
לתמונות הקשות שהפיץ מערך ההסברה הלאומי של ישראל, של הטבח בבית הכנסת בשכונת הר נוף בירושלים, הייתה השפעה רבה בעולם בסיפור הנרטיב הישראלי דבר שיצר חששות בקרב ההנהגה הפלסטינית.
לכך יש להוסיף את השימוש בסכינים וגרזנים שעשו המחבלים בעת הטבח דבר שיצר באופן אוטומטי, בתודעה הבינלאומית, השוואה למחבלי דאע"ש.
גם העובדה שהיות שלושה מן הנרצחים בפיגוע אזרחים אמריקנים והנרצח הרביעי אזרח בריטי הייתה לרעתם של הפלסטינים בתקשורת הבינלאומית.
לפיכך, בהנהגת הרשות הפלסטינית יש הסבורים שהפיגוע האחרון בבית הכנסת בירושלים מחייב עריכת דיון פנימי בשאלה לאן מוביל גל הטרור הנוכחי את העם הפלסטיני.
האינתיפאדה השנייה הייתה בסופו של דבר סיוט עבור הפלסטינים שעד היום הם מלקקים את פצעיו. מבחינתם הייתה זו טעות שאינם רוצים לחזור עליה, רבים מהפלסטינים סבורים שהיא הסיגה אותם לאחור שנים רבות ויצרה את התנאים להשתלטות החמאס על רצועת עזה ופיצול העם הפלסטיני בגדה וברצועה.
בעוד חמאס תומך בהתנגדות מזויינת לישראל, הקו הרשמי של הרשות הפלסטינית הוא שיש להתנגד לשימוש בנשק חם. יו"ר הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס מצהיר, השכם והערב, כי הוא תומך "בהתנגדות עממית בדרכי שלום לכיבוש הישראלי".
בקרב בכירים ברשות הפלסטינית קיים גם חשש שהתגברות גל הטרור העממי והפיגועים בישראלים יזיק למאמץ הפלסטיני הנוכחי להעביר החלטה במועצת הביטחון לקבוע לוח זמנים לנסיגת ישראל מהשטחים ויעודד את ארצות הברית להטיל וטו על הצעת ההחלטה.
עם זאת, יש קורת רוח רבה ברחוב הפלסטיני מהדברים שאמר ראש השב"כ יורם כהן בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת על יו"ר הרשות הפלסטינית מחמוד עבאס.
מאמר המערכת של העיתון "אלקדס" היוצא לאור במזרח ירושלים תיאר את דבריו של ראש השב"כ כ"מכה ניצחת" על כל המלעיזים בישראל על יו"ר הרש"פ מחמוד עבאס.