האפיפיור בנדיקטוס ה-16 התנצל (17.09.06) על דבריו שבוע קודם לכן בגרמניה, והסביר, כי הציטוט שהקריא על הנביא מוחמד לא שיקפו את דעתו. בנאום בפני עולי רגל בארמון הקיץ שלו אמר האפיפיור: "אני מצטער מאוד… המלים היו למעשה ציטוט מכתבים מימי הביניים, שאינם משקפים בשום צורה את עמדתי האישית". מנהיג האחים המוסלמים, הארגון האסלאמי הבינלאומי הגדול ביותר, לא הסתפק בנוסח ההתנצלות הזה ודרש מהאפיפיור לפרסם התנצלות ברורה יותר.
מול האפיפיור עמדה חזית אסלאמית אחידה שתבעה את עלבונה על מה שהוגדר כ"פגיעה בכבודו של הנביא מוחמד, חותם הנביאים". הקו הבולט בתגובה לדברי האפיפיור הייתה ההתייחסות לאומה האסלאמית כזו הנתונה תחת מתקפה כוללת "צלבנית – ציונית", אשר חותרת בין היתר לחתור תחת אושיות האמונה האסלאמית. האסלאם, אליבא מבקריו של האפיפיור, נמצא במגננה, ומוקנית לו לפיכך זכות ההגנה העצמית כדי להגן על כבוד דת האסלאם, האמונה האסלאמית וכל הנביאים ובראשם הנביא מוחמד.
המניע המרכזי, שעמד ביסוד התנצלות האפיפיור, היה ככל הנראה הרצון למנוע הסלמה בתגובות של הארגונים האסלאמיים, אשר הזהירו מפני פגיעה ב"שלום העולמי" וחלקם אף עודד פגיעה בנוצרים כפי שאירע בימים האחרונים במקומות שונים בעולם (שריפת כנסיות, רצח אנשי כמורה, התנכלויות ואיומים על חיי מאמינים נוצרים וכדומה). נראה, כי המתיחות בין הדתות שככה מעט עם פרסום ההתנצלות של האפיפיור, ואולם ספק רב אם היא תוכל למנוע את ההתפרצות הבאה.
יסוד העימות בין האסלאם למערב אינו נובע עוד מריאקציה לכיבושי המערב או מתחושת נחיתות אסלאמית מול התרבות הטכנולוגיה המערבית. התגובה של האסלאם הפונדמנטליסטי לציביליזציה המערבית נשענת מאז סוף שנות השבעים של המאה הקודמת (עליית שלטון אסלאמי באיראן) וביתר שאת משנות התשעים ("הניצחון האסלאמי" על ברה"מ באפגניסטאן, שלטון הטליבאן, הקמתאלקאעדה וגרורותיה ברחבי העולם וההתחזקות הפוליטית של הזרמים האסלאמיים בעולם הערבי) על תחושה של הישגיות, תקווה ואמונה, כי סימני ההתעוררות האסלאמית מצביעים על תהליך היסטורי דטרמיניסטי, שיוביל במאה ה – 21 להחזרת עטרת האסלאם ליושנה ככוח הדומיננטי בעולם.
לא האסלאם תחת מתקפת תרבות מערבית, אלא דווקא המערב, הפותח את שעריו, מתוך תפיסה של פלורליזם, למטיפים דתיים הקוראים בגלוי להחלת ה"שריעה" (ההלכה האסלאמית) במדינות המערב המארחות. בדיקת הנתונים הרשמיים של ממשלת סעודיה, העומדת בחזית ה"דעווה" (הפצת האסלאם) העולמית, מראה על תנופה אדירה מדי שנה של בניית מסגדים ומרכזים אסלאמיים במדינות המערב הממומנים בכספי הפטרו דולרים. מנגד, בולטת ההתנגדות הנחרצת של המדינות האסלאמיות לאפשר בשטחן פעילות מיסיונרית דומה של דתות אחרות, וקל וחומר לבנות בתי תפילה ומרכזים דתיים לשאינם מוסלמים.
לא רק זו, הארגונים האסלאמיים, ובהם האחים המוסלמים, אינם מסתירים עוד את כוונותיהם התוקפניות כלפי הנצרות בכלל והוותיקן בפרט. השיח' יוסוף קרדאווי, מחכמי הדת החשובים בימינו, ובעבר מועמד לתפקיד מנהיג האחים המוסלמים, קבע בפסק הלכה (2003), כי האסלאם ינצח, ישתלט על העולם כולו ואחד מסימני הניצחון יהיה כיבוש רומא בירת איטליה בידי המוסלמים. כיבוש אירופה והבסת הנצרות יתאפשרו, בראייתו, באמצעות הפצת האסלאם בתוך אירופה, עד אשר יהיה בכוחו של האסלאם להשתלט על כל היבשת.
קרדאווי אינו לבד. השייח' חוסיין בן-מחמוד כתב ב-19 ביולי 2005 באיגרת שפורסמה באתר של אל-קאעידה, כי מטרת האסלאם היא "להניף את דגלי הג'יהאד ברומא… להפוך את הבית הלבן למסגד, להנהיג את שורות המתפללים (המוסלמים) בקרמלין ולהציב את המואזין, שיקרא לתפילה מעל בניין הפרלמנט בלונדון". גם השיח' אחמד יאסין, מייסדה של תנועת החמאס, הגדיר את יעד הג'יהאד כ"השלטת דת האסלאם בעולם" ועודד את המאמינים לצאת לג'יהאד ולהתכונן למערכה ארוכה נגד ארה"ב בהבטיחו, כי המאה הנוכחית, המאה ה – 21 היא "המאה של האסלאם, המאה של השחרור, המאה של הניצחון ומימוש היכולת".
התנצלות האפיפיור עלולה להתפרש על רקע זה דווקא כסימן של חולשה מול כוחו הגובר של האסלאם. קניית השקט הזמני לא תבטיח בהכרח תיקון היחסים בין האסלאם לנצרות והשתתתם על דיאלוג, עיון ודיון תיאולוגי, ולא תביא לזניחת החזון האסלאמי, הקורם עור וגידים, לכבוש עוד במאה הנוכחית את רומא והוותיקן. דפוס התגובה האסלאמית המצטיירת בפרשת זו, וקודמתה "הקריקטורות הדנית" הינה תביעה מיידית להתנצלות מלאה, העמדה לדין של הפוגעים באסלאם (גזר דין מוות), ואיום באלימות ובטרור אם לא יעשה כן. צא ולמד, מה יהיו התנאים הבאים, שיוצגו למערב בפרשה הבאה, לאחר שבידי איראן יהיה נשק גרעיני, ואם מדינה מוסלמית סונית גדולה תיפול לידי שלטון האסלאם הרדיקלי.