ההידרדרות במצרים משליכה קשות גם על הרשות הפלסטינית על שני חלקיה ברמאללה ובעזה, ומעמידה את מנהיג אש"ף, אבו מאזן, בדילמות לא קלות. שורש הבעיה טמון בכך שמדינות ערב התומכות ברמאללה, כמו סעודיה וירדן, תומכות תמיכה נחרצת בגנרל אלסיסי ובשלטון האזרחי של מצרים ומתעמתות בנושא זה עם ארה"ב.
נוצר מצב שלא ניתן היה לחזותו עד לפני זמן קצר, שמדינות ערב הפרו-מערביות של המזה"ת יתעמתו מול ארה"ב בדיוק בנקודת זמן שבה האמריקנים מעורבים בצורה נמרצת בקידום שיחות השלום בין הפלסטינים לבין ישראל.
מדוע יש פה בעיה? מכיוון שאבו מאזן מסתמך על ההבטחות האמריקניות, כאשר איש בעולם הערבי לא מאמין להן יותר. יתרה מכך, סדר היום הערבי כרגע הוא נגד סיוע לארה"ב, ובכלל זה במאמציה לקדם את השלום בין ישראל לפלסטינים.
בעיה שנייה קשורה בחמאס. אבו מאזן רוצה להתפייס עם חמאס, אבל מצרים מחשיבה את חמאס יחד עם האחים המוסלמים של מצרים כארגון טרור. ניסיונות התקרבות של רמאללה לעזה התקבלו בעין רעה בקהיר, וכמובן גם ברבת עמון ובריאד. בלי מראית עין של פיוס פנים פלסטיני אבו מאזן לא יכול לטעון כי הוא הריבון על כל שטחי פלסטין, ועל פי האמנות הבינ"ל אי אפשר להכיר בו כמדינה. אמנם זה עניין פורמאלי, מדינות העולם יכירו במדינה הפלסטינית בין כה וכה, אבל כאשר חייב אבו מאזן, על מנת להצדיק את הלגיטימיות של שלטונו ברמאללה, להכריז על בחירות חדשות, הוא לא יכול לעשות זאת בלי עזה. אם עד כה מצרים הייתה גורם שסייע לפיוס הפנים פלסטיני, היום תתנגד מצרים לפיוס פנים פלסטיני, ומכאן כי אי אפשר יהיה לקיים בחירות ושלטונו של אבו מאזן ברמאללה גם הוא עלול להיחשב כלא לגיטימי בהיעדר בחירות.
בנוסף לכך, יש בעיה נוספת שייתכן והפלסטינים עדיין לא נתנו עליה את הדעת. אם ממשל אובמה תומך תמיכה נחרצת באחים המוסלמים, הרי בסופו של דבר הוא יכיר גם בחמאס. אם בשיחות עם ישראל תתקבל בסופו של דבר החלטה שתכיר בצורה כזו או אחרת בגבולות בקווי 67', הרי שיפתח הפתח לחמאס להכיר בהסכם הזה ולהכריז על הודנה (הפסקת אש). חאלד משעל הכריז כי אם יושג הסכם עם ישראל על בסיס קווי 67', חמאס תכריז על הודנה עם ישראל. אם אכן יקרה הדבר, הרי שהרשות הפלסטינית ברמאללה תהיה הגשר שעליו יעבור הממשל של הנשיא אובמה להכרה בחמאס.