למאבק בין חמאס לאל-קעידה, שהגיע לשיא בשבוע האחרון, יש שורשים עמוקים הנוגעים למחלוקות אידיאולוגיות היסטוריות בין הסלפים בסעודיה לבין תנועת האחים המוסלמים במצרים. הברית בין חמאס לאיראן, הנחשבת בעיני הסלפים ל"שטן הגדול", מגבירה עוד יותר את המתיחות.
הדיכוי הברוטלי של "האמירות הסלפית" ברפיח הוא בראש והראשונה צורך קיומי של החמאס, המבקש לשמור על שלטונו מפני כל איום, קטן כגדול. חמאס הפגין אגרסיביות דומה כשפעל למגר את כוחו של הפתח בעזה, כששבר את החמולות הגדולות בעזה, וכשהכריח את הג'יהאד האסלאמי לא לנהל מאבק נפרד בישראל ללא אישורו.
ערב דיכוי ה"אמירות" ברפיח, השתלט החמאס על כל מסגדי הג'יהאד האסלאמי. בסבב עימות קודם, החמאס גם לא נרתע מחיסול פעילי הג'יהאד האסלאמי בתוך המסגדים. אלא שבמקרה של התנועה הסלפית הג'יהאדיסטית ברפיח יש היבט נוסף, והוא חילוקי הדעות האידיאולוגיים הממושכים בין חמאס לבין ארגון אל-קעידה והקבוצות הסלפיות. על מנת להבין זאת יש לחזור לשורשי הויכוח האידיאולוגי בין הסלפים, שמרכזם בסעודיה, לבין תנועת האחים המוסלמים, שנולדה במצרים. שתי התנועות מסכימות על הצורך לכבוש העולם וליישם את האסלאם גם בארצות נוצריות, אבל חלוקות עמוקות באשר לדרכים לעשות זאת.
תנועת האחים המוסלמים טוענת כי יש לאמץ את המודרנה המערבית כדי לקחת מהמערב את הכלים להילחם בו. הסלפים, כפי שניתן ללמוד משמם ("סלף" פירושו "הדור הראשון של חבריו של הנביא מוחמד"), טוענים את ההיפך. לדידם, יש לחזור לשורשי האסלאם, לאמץ את דרכי הדור הראשון, להתנער מה"שחיתות" המערבית, ואז לגבור על המערב.
במקרה הספציפי של החמאס, הביקורת על הארגון התחילה עוד בדברים שהשמיע איימן אל-זוואהירי, האיש מספר שתיים בארגון אל-קעידה, שהתנגד להשתתפותו של החמאס בבחירות. הוא טען כי כאשר חמאס יקבל על עצמו אחריות לניהול מדינה, הוא יחדל מהג'יהאד. הסלפים דוחים מכל וכל את רעיון הבחירות ורואים בו דוגמא להשפעת התרבות המערבית על האסלאם. לראייה, בימים אלה מנסה ארגון הטליבאן בכל כוחו לשבש את הבחירות באפגניסטן.
תנועת האחים המוסלמים, לעומת זאת, דווקא מעודדת את השתתפותן של תנועות אסלאמיות בבחירות. במצרים, התנועה התארגנה כמפלגה פוליטית שרצה בבחירות. עקרון ההשתתפות בבחירות, אם כן, הוא אחד ממוקדי המחלוקת העיקריים בין שני הזרמים המובילים בסונה.
אשר לחמאס, זה מהווה מצד אחד תנועה של האחים המוסלמים, אבל מצד שני משמש גם כבעל ברית של איראן. עובדה זו מעוררת בעייתיות נוספת ביחסי החמאס עם התנועות הסלפיות, אשר מכנות את איראן "השטן הגדול". בנקודת הזמן הנוכחית, איראן נדמית בעיניהן כאויב גדול יותר מאשר ישראל, וזאת מבלי להמעיט כמובן מערכה של ההתנגדות לישראל.
הבעיה של חמאס, איפוא, היא לא עקירתן מן השורש של התנועות הסלפיות בעזה, שהן בסך הכל קטנות וחלשות. הסכנה הגדולה יותר מבחינת החמאס היא התייצבותה של אל-קעידה נגדו, אשר עלולה להתפתח עם הזמן לבעיה צבאית ואידיאולוגית.
למרות כל זאת, נראה שחמאס מנסה להוציא מתוק מעז. בהודעות האחרונות שפרסם הארגון בעקבות אירועי רפיח, הוא הציג עצמו כ"תנועת אמצע". המסר שביקש החמאס להעביר למערב הוא שיש לשים לב אליו, שהוא איננו ארגון אסלאם קיצוני, ויכול אפילו להיות שותף במאבק נגד האסלאם הקיצוני. הדברים נאמרים בקריצה, אבל קרוב לוודאי שהם עולים במפגשים הסגורים בין אנשי החמאס לגורמים פוליטיים במערב.
